Scholl bermain untuk SV Nordwest Karlsruhe (dari 1976 hingga ke 1982) dan Karlsruher SC (from 1982 to 1992) sebelum memasuki Bayern Munich pada Julai 1992. Dia telah berada dengan He Bayern lebih lama dari pemain terbaru yang lain, dan pada Mei 2006, dia memanjangkan kontraknya selama satu tahun sehingga akhirnya musim 2006/07, yang akan menjadi musim ke-15 dengan kelab Munich. Memakai jersi nombor 7, dia telah bermain dalam 463 pertandingan bertawanan untuk Bayern, menjaringkan 116 gol.